Johann Michael Daisenberger wurde als Sohn des Krämers Johann Michael Daisenberger und seiner Frau Maria Anna, geb. Bosch, geboren. Nachweisbar ist er erstmals als Buchhalter des Buchhändlers Nicolaus Doll in Augsburg. Nachdem er sich als solcher erfolglos um eine eigene Buchhandelskonzession 1794 für Augsburg bzw. 1796 für Straubing sowie 1797 um das Augsburger Bürgerrecht und um die Kramergerechtigkeit bemüht hatte, erhielt er am 13. Februar 1799 eine personelle Konzession für Stadtamhof, um die er sich bereits 1797 beworben hatte.
Vorausgegangen war für Stadtamhof ein durchaus kämpferisch geführter Konkurrenzkampf mit Joseph Sigmund Reitmayr, der am 22. November 1797 ebenfalls ein Buchhandelsprivileg für Stadtamhof beantragt hatte. Die Entscheidung fiel schließlich durch kurfürstliches Reskript vom 30. Januar 1799 gegen Reitmayr und zugunsten Daisenbergers.
Am 9. Juni 1801 ehelichte Johann Michael Daisenberger, der früher bereits mit Magdalena Mayrhofer aus Friedberg verheiratet war, Josepha Maria Anna Wagner, die Tochter des Augsburger Buchhändlers Ignaz Walter. Ab diesem Zeitpunkt gab er als Verlagsort seiner Druckerzeugnisse an Stadtamhof und Augsburg.
Beginnend mit einem Gesuch vom 26. November 1802 bemühte sich Daisenberger um die Genehmigung dafür, seine Buchhandlung von Stadtamhof nach Regensburg zu verlegen, wo er in Konkurrenz zu Georg Heinrich Keyser trat. Dieser hatte ihn in einem vernichtenden Artikel des Nachdrucks beschuldigt und im eigenen Verlag die Schrift Ueber den Nachdruck. An die Regierung Bayerns veröffentlicht.
Daisenberger plante eine enge Zusammenarbeit mit dem Steindrucker Franz Anton Niedermayr. Er beantragte daher am 16. September 1805 erneut die Genehmigung zur Verlegung seiner Buchhandlung nach Regensburg; am 2. November 1805 stimmte Carl Theodor von Dalberg seinem Vorhaben zu. Niedermayr, der am 27. April 1806 Daisenbergers Schwester Maria Viktoria heiraten sollte und nun nicht mehr wie in den Jahren 1802/03 mit Keyser kooperieren konnte, erbat seinerseits in einem Gesuch an Dalberg vom März 1806 die Genehmigung für die beabsichtigte Zusammenarbeit. Da er jedoch keine Genehmigung für den Druck mit Lettern erhielt, sondern seine Konzession ausdrücklich auf den Steindruck beschränkt wurde, konnte die angestrebte Zusammenarbeit nicht verwirklicht werden.
Daraufhin blieb Daisenberger zunächst in Stadtamhof. Im April 1808 erwarb er das Warenlager von Alois Gerstle in Augsburg. Als er im April 1809 durch die Brandkatastrophe von Stadtamhof im Zusammenhang mit Napoleons Eroberung von Regensburg sein gesamtes Vermögen verlor, stützte er sich zunächst auf Augsburg als Verlagsort und erbat schließlich 1810 erneut die Genehmigung, seinen Laden nach Regensburg verlegen zu dürfen, die ihm mit Reskript vom 5. Dezember 1810 erteilt wurde. Im gleichen Jahr kaufte er die stark verschuldeten Bestände Reitmayrs auf.
Über Daisenbergers weiteren Lebensweg ist nur wenig bekannt. Am 27. August 1822 erhielt er die Genehmigung zur Heirat mit Maria Catharina Siegl. 1826 bemühte er sich um eine Buchhandlungskonzession für Passau, da dort durch den Weggang Friedrich Pustets nach Regensburg Bedarf entstehe; sie wurde ihm am 27. Dezember 1826 erteilt. Zusätzlich wurde sein ergänzendes Gesuch um eine Konzession für eine Papier- und Schreibmaterialienhandlung am 3. Februar 1827 genehmigt. Auf beide Konzessionen verzichtete er jedoch zugunsten seines Sohnes Johann Matthias. 1835 besaß er eine Daisenberger’sche Filialbuchhandlung in München, die von seiner Tochter Anna Marianna Theresia geführt wurde. 1836 beantragte er eine Lizenz zur Verfertigung von Gesundheits-Caffee.
Wie lange Daisenberger neben der Führung seiner Buchhandlung auch seinen Verlagsgeschäften nachging, ist nicht bekannt. Im Jahre 1851 soll er gar Ehrenbürger der Stadt Augsburg gewesen sein – ein Sachverhalt, der heute jedoch nicht nachweisbar ist. Am 22. September 1845 beantragte sein Sohn Karl August Daisenberger die Genehmigung zur Ansässigmachung und Übernahme der Buchhandlung; seinen Antrag begründete er mit einer langdauernden Erkrankung seines Vaters, die ihn an der Ausführung seiner Geschäfte hindere. Der Vater gab schließlich am 29. Oktober 1846 den Verzicht auf seine Handlungskonzession zu Protokoll; daraufhin wurde der Antrag des Sohnes am 12. November 1846 genehmigt. Johann Michael Daisenberger selbst bewarb sich 1848 um eine Wirths-Concession. Wann er verstorben ist, ist nicht bekannt.